ATAC-seq (от англ. Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) — метод для полногеномного оценивания степени открытости хроматина. Технология основана на использовании транспозазы Tn5, которая разрезает открытый хроматин и одновременно лигирует адаптеры для последующей амплификации и секвенирования. Метод ATAC-seq используется для:
Выявления открытых участков хроматина;
Определения положения нуклеосом с разрешением в один нуклеотид;
Выявления участков связывания транскрипционных факторов и сайтов метилирования ДНК.
Набор ATAC-seq оптимизирован выделения ядер из образцов ткани от 25 до 100 мг на реакцию. Протокол был валидирован тканях млекопитающих (легкие, печень, мозг, почки, мышцы) и разных видов (свинья, курица).