Исходный биоматериал: 25-100 мг ткани. ATAC-seq (от англ. Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) — метод для полногеномного оценивания степени открытости хроматина. Технология основана на использовании транспозазы Tn5, которая разрезает открытый хроматин и одновременно лигирует адаптеры для последующей амплификации и секвенирования. Метод ATAC-seq используется для:
Выявления открытых участков хроматина;
Определения положения нуклеосом с разрешением в один нуклеотид;
Выявления участков связывания транскрипционных факторов и сайтов метилирования ДНК.
Набор ATAC-seq оптимизирован для работы с образцами ткани от 25 до 100 мг на реакцию. Протокол был проверен на многих различных тканях млекопитающих (легкие, печень, мозг, почки, мышцы) и разных видов (свинья, курица, крыса, мышь, лошадь). В состав набора входят реагенты для полного рабочего процесса ATAC-seq, включая извлечение ядер, подготовку библиотеки и мультиплексирование. Адаптеры для мультиплексирования не входят в состав набора и приобретаются отдельно. Модуль для выделения ядер из тканей можно приобрести отдельно.