В основе single-cell анализа — разделение клеток на отдельные микрореакции.
Клеточная суспензия, баркодированные частицы и масло проходят через микрофлюидный чип и формируют эмульсионные капли.
В каждой капле клетка получает свой молекулярный идентификатор:
cell barcode показывает, из какой клетки получена молекула, UMI помогает учитывать отдельные транскрипты, oligo-dT связывает poly(A)-РНК.
Так исследователь получает не усреднённый профиль образца, а данные по каждой клетке: её тип, состояние, активированные гены и вклад в общий биологический процесс.